apollo.analysis
Class RemotePrimerBlastNCBI.PrimerBlastOptions

java.lang.Object
  apollo.analysis.RemotePrimerBlastNCBI.PrimerBlastOptions

Enclosing class:

RemotePrimerBlastNCBI

public static class RemotePrimerBlastNCBI.PrimerBlastOptions
extends java.lang.Object

Options for running Primer-BLAST.

Nested Class Summary

static class

RemotePrimerBlastNCBI.PrimerBlastOptions.Database Database to search against for primer specificity.

Constructor Summary

RemotePrimerBlastNCBI.PrimerBlastOptions()

Method Summary

java.lang.Integer	getEnd()
java.lang.Integer	getMismatchRegionLength()
java.lang.String	getOrganism()
java.lang.Integer	getPrimer3End() Get the reverse primer end genomic coordinate.
java.lang.Integer	getPrimer3endSpecificityMismatch()
java.lang.Integer	getPrimer3Start() Get the reverse primer start genomic coordinate.
java.lang.Integer	getPrimer5End() Get the forward primer end genomic coordinate.
java.lang.Integer	getPrimer5Start() Get the forward primer start genomic coordinate.
java.lang.String	getPrimerLeftInput()
java.lang.Double	getPrimerMaxDiffTm()
java.lang.Double	getPrimerMaxTm()
java.lang.Double	getPrimerMinTm()
java.lang.Integer	getPrimerNumReturn()
java.lang.Double	getPrimerOptTm()
java.lang.Integer	getPrimerProductMax()
java.lang.Integer	getPrimerProductMin()
java.lang.String	getPrimerRightInput()
RemotePrimerBlastNCBI.PrimerBlastOptions.Database	getPrimerSpecificityDatabase()
java.lang.Integer	getProductSizeDeviation()
java.lang.Integer	getStart()
java.lang.Integer	getTotalPrimerSpecificityMismatch()
boolean	isRemovePairsNotInExons()
boolean	isSearchSpecificPrimer()
void	setEnd(java.lang.Integer end)
void	setMismatchRegionLength(java.lang.Integer mismatchRegionLength)
void	setOrganism(java.lang.String organism)
void	setPrimer3End(java.lang.Integer primer3End) Set the reverse primer end genomic coordinate.
void	setPrimer3endSpecificityMismatch(java.lang.Integer primer3endSpecificityMismatch)
void	setPrimer3Start(java.lang.Integer primer3Start) Set the reverse primer start genomic coordinate.
void	setPrimer5End(java.lang.Integer primer5End) Set the forward primer end genomic coordinate.
void	setPrimer5Start(java.lang.Integer primer5Start) Set the forward primer start genomic coordinate.
void	setPrimerLeftInput(java.lang.String primerLeftInput)
void	setPrimerMaxDiffTm(java.lang.Double primerMaxDiffTm)
void	setPrimerMaxTm(java.lang.Double primerMaxTm)
void	setPrimerMinTm(java.lang.Double primerMinTm)
void	setPrimerNumReturn(java.lang.Integer primerNumReturn)
void	setPrimerOptTm(java.lang.Double primerOptTm)
void	setPrimerProductMax(java.lang.Integer primerProductMax)
void	setPrimerProductMin(java.lang.Integer primerProductMin)
void	setPrimerRightInput(java.lang.String primerRightInput)
void	setPrimerSpecificityDatabase(RemotePrimerBlastNCBI.PrimerBlastOptions.Database primerSpecificityDatabase)
void	setProductSizeDeviation(java.lang.Integer productSizeDeviation)
void	setRemovePairsNotInExons(boolean removePairsNotInExons)
void	setSearchSpecificPrimer(boolean searchSpecificPrimer)
void	setStart(java.lang.Integer start)
void	setTotalPrimerSpecificityMismatch(java.lang.Integer totalPrimerSpecificityMismatch)

Methods inherited from class java.lang.Object

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

Constructor Detail

RemotePrimerBlastNCBI.PrimerBlastOptions

public RemotePrimerBlastNCBI.PrimerBlastOptions()

Method Detail

getPrimer5Start

public java.lang.Integer getPrimer5Start()

Get the forward primer start genomic coordinate.

Returns:

start genomic coordinate

setPrimer5Start

public void setPrimer5Start(java.lang.Integer primer5Start)

Set the forward primer start genomic coordinate.

Parameters:

primer5Start - - start genomic coordinate

getPrimer5End

public java.lang.Integer getPrimer5End()

Get the forward primer end genomic coordinate.

Returns:

end genomic coordinate

setPrimer5End

public void setPrimer5End(java.lang.Integer primer5End)

Set the forward primer end genomic coordinate.

Parameters:

primer5End - - end genomic coordinate

getPrimer3Start

public java.lang.Integer getPrimer3Start()

Get the reverse primer start genomic coordinate.

Returns:

start genomic coordinate

setPrimer3Start

public void setPrimer3Start(java.lang.Integer primer3Start)

Set the reverse primer start genomic coordinate.

Parameters:

primer3Start - - start genomic coordinate

getPrimer3End

public java.lang.Integer getPrimer3End()

Get the reverse primer end genomic coordinate.

Returns:

end genomic coordinate

setPrimer3End

public void setPrimer3End(java.lang.Integer primer3End)

Set the reverse primer end genomic coordinate.

Parameters:

primer3End - - end genomic coordinate

getPrimerLeftInput

public java.lang.String getPrimerLeftInput()

setPrimerLeftInput

public void setPrimerLeftInput(java.lang.String primerLeftInput)

getPrimerRightInput

public java.lang.String getPrimerRightInput()

setPrimerRightInput

public void setPrimerRightInput(java.lang.String primerRightInput)

getPrimerProductMin

public java.lang.Integer getPrimerProductMin()

setPrimerProductMin

public void setPrimerProductMin(java.lang.Integer primerProductMin)

getPrimerProductMax

public java.lang.Integer getPrimerProductMax()

setPrimerProductMax

public void setPrimerProductMax(java.lang.Integer primerProductMax)

getPrimerNumReturn

public java.lang.Integer getPrimerNumReturn()

setPrimerNumReturn

public void setPrimerNumReturn(java.lang.Integer primerNumReturn)

getPrimerMinTm

public java.lang.Double getPrimerMinTm()

setPrimerMinTm

public void setPrimerMinTm(java.lang.Double primerMinTm)

getPrimerOptTm

public java.lang.Double getPrimerOptTm()

setPrimerOptTm

public void setPrimerOptTm(java.lang.Double primerOptTm)

getPrimerMaxTm

public java.lang.Double getPrimerMaxTm()

setPrimerMaxTm

public void setPrimerMaxTm(java.lang.Double primerMaxTm)

getPrimerMaxDiffTm

public java.lang.Double getPrimerMaxDiffTm()

setPrimerMaxDiffTm

public void setPrimerMaxDiffTm(java.lang.Double primerMaxDiffTm)

isSearchSpecificPrimer

public boolean isSearchSpecificPrimer()

setSearchSpecificPrimer

public void setSearchSpecificPrimer(boolean searchSpecificPrimer)

getOrganism

public java.lang.String getOrganism()

setOrganism

public void setOrganism(java.lang.String organism)

getPrimerSpecificityDatabase

public RemotePrimerBlastNCBI.PrimerBlastOptions.Database getPrimerSpecificityDatabase()

setPrimerSpecificityDatabase

public void setPrimerSpecificityDatabase(RemotePrimerBlastNCBI.PrimerBlastOptions.Database primerSpecificityDatabase)

getTotalPrimerSpecificityMismatch

public java.lang.Integer getTotalPrimerSpecificityMismatch()

setTotalPrimerSpecificityMismatch

public void setTotalPrimerSpecificityMismatch(java.lang.Integer totalPrimerSpecificityMismatch)

getPrimer3endSpecificityMismatch

public java.lang.Integer getPrimer3endSpecificityMismatch()

setPrimer3endSpecificityMismatch

public void setPrimer3endSpecificityMismatch(java.lang.Integer primer3endSpecificityMismatch)

getMismatchRegionLength

public java.lang.Integer getMismatchRegionLength()

setMismatchRegionLength

public void setMismatchRegionLength(java.lang.Integer mismatchRegionLength)

getProductSizeDeviation

public java.lang.Integer getProductSizeDeviation()

setProductSizeDeviation

public void setProductSizeDeviation(java.lang.Integer productSizeDeviation)

getStart

public java.lang.Integer getStart()

setStart

public void setStart(java.lang.Integer start)

getEnd

public java.lang.Integer getEnd()

setEnd

public void setEnd(java.lang.Integer end)

isRemovePairsNotInExons

public boolean isRemovePairsNotInExons()

setRemovePairsNotInExons

public void setRemovePairsNotInExons(boolean removePairsNotInExons)